El Instituto cuenta con un centro de documentación donde se pueden consultar los principales manuales y documentos de referencia, el resto de recursos bibliográficos especializados en derechos humanos son centralizados en el Centro de Recursos para el Aprendizaje e Investigación (CRAI) de la Universidad de Deusto.
En cuanto a las publicaciones del Instituto, en los últimos años se han llevado a cabo acciones con el fin de cumplir con los criterios de calidad y de reconocimiento científico. A continuación se incluyen las principales líneas de publicación del Instituto:
Monografías
Esta colección recoge el fruto del trabajo de equipos de investigación específicos así como tesis doctorales sobre los derechos humanos y su cumplimiento en la realidad social.
Cuadernos Deusto de Derechos Humanos
Con un enfoque más divulgativo y en un formato más reducido pero abordados con un mínimo rigor, se editan cinco cuadernos por curso académico sobre materias relevantes y actuales en el ámbito de los derechos humanos. Instrucciones para autores.
Anuario de Acción Humanitaria y Derechos Humanos
Esta publicación periódica pretende facilitar un espacio de reflexión e intercambio sobre las prácticas, experiencias e investigaciones que se producen en el ámbito de la acción humanitaria y los derechos humanos.
Instruciones para autores.
Monografías Gipuzkoa
Al igual que en el caso de las Monografías, esta colección recoge el trabajo tanto de investigaciones en equipo como individuales, así como los resultados de los diversos congresos organizados.
Otras publicaciones
Los Derechos Humanos en el País Vasco. Valoración Pública del Instituto de Derechos Humanos
Pronunciamientos publicados bianualmente cuyo objetivo es el de contribuir a la extensión de la cultura de los derechos humanos en el seno de la sociedad vasca. Publicacion en pdf .
Textos Básicos en Ayuda Internacional Humanitaria y Desarrollo
Esta colección está compuesta por los textos producidos en el marco del Master en Acción Internacional Humanitaria-NOHA a modo de manuales.
Colaboraciones con el Forum Deusto
La colección Forum Deusto recoge especialmente los ciclos de conferencias que esta entidad de la Universidad organiza en torno a las cuestiones sociales más relevantes. El Instituto de Derechos Humanos Pedro Arrupe colabora en algunos de los números de esta colección.
Colaboraciones con HumanitarianNet
La Red Temática sobre Estudios de Desarrollo Humanitario, tiene como objetivo mejorar el trabajo que desarrollan las universidades en el campo del desarrollo humanitario, incluyendo la enseñanza, la investigación, el trabajo de campo, el debate y la divulgación. Esta colección ha publicado en colaboración con el Instituto de Derechos Humanos Pedro Arrupe.