La línea de acción del Instituto aglutina actividades relacionadas con la incidencia socio-política o con la intervención directa a favor de los derechos humanos y su protección. Algunas de estas acciones se desarrollan como iniciativa propia, si bien la mayoría se realizan en colaboración con diversas instituciones públicas, centros académicos, organizaciones no gubernamentales u otras entidades sociales.
El objetivo primordial es lograr incidencias directas en la protección de los derechos humanos, incluso en casos particulares. Para ello desarrollamos acciones de diversa índole, tales como cursos de formación específica, asesoramiento a diversos agentes sociales o instituciones públicas, elaboración de informes o actividades de incidencia política directa sobre actores sociales o institucionales.
Entre ellas destacamos las siguientes:
- Asesoramiento técnico a organizaciones sociales (Fundación Rigoberta Menchú).
- Informes y asesoramientos a instituciones vascas (situación jurídica y social de los polizones, bases filosóficas y operativas del I Plan Vasco de Inmigración, propuestas normativas varias).
- Iniciativas de incidencia política directa (impulso para la presentación de recursos de inconstitucionalidad, Declaración de Bizkaia sobre el derecho al ambiente, Declaración de Luarca sobre el derecho humano a la paz).
- Trabajo de incidencia política al que se dirige primordialmente el Programa de Formación de Líderes Indígenas de América Latina.
- El Instituto también participa de programas de acogida a defensores de los derechos humanos o en iniciativas orientadas a la incidencia política puntual en países del Sur, particularmente Colombia o Sahara Occidental.
- Impulsar proyectos de cooperación al desarrollo junto con otras organizaciones (Universidad Rafael Landivar, en la región de Verapaz, en Guatemala, colaboración para el establecimiento de una universidad indígena en Ecuador).
- La pertenencia del instituto a través de alguno de sus miembros en órganos de relevancia social o patronatos de fundaciones (Alboan , CeiMigra, Gernika Gogoratuz, Comité de expertos del Consejo de Europa, Observatorio del Pluralismo Religioso en España, Asociación de Institutos de Derechos Humanos – AHRI, Comisión de Seguimiento del Plan Nacional de Derechos Humanos, Grupo de expertos para el Pacto Social por la Inmigración del País Vasco).